其实，我自己已经养成了把重要的参考文献整理在网络上的好习惯（见www.bigphysics.org）和相应的研究项目整理在一起。
不过，其他人可能还是会需要一个专门的参考文献管理工具来把自己读过的文献整理好，包含分类、做批注、做成bibtex等方便以后写文章的时候使用的文献格式。甚至，可能需要把阅读完的pdf直接变成bibtex文件。
这个时候，Zotero就很管用了：它可以直接从pdf文件得到题录，甚至倒过来从题录直接搜索pdf文件。同时，如果配合ZotFile，还可以把任何时候任何机器上看到的文章都先上传到一个网盘上，网盘同步到电脑上，ZotFile同步到Zotero的方式整理到参考文献列表中。如果安装浏览器插件，则可以直接通过Zotero网上账号来同步（不过存储空间只有300M），直接做到在任何地方任何机器上看文献都能够保存在统一的地方。
试了试其中的pdf到参考文献功能，相当准确。应该是背后检索了相应的数据库，看起来包含了CrossRef和Google。
输出格式方面，可以输出bibtex、APA格式等，也可以导出为Refworks、EndNote等软件的格式。
不过这个软件的Linux版本下载回来是一个预编译文件不需要安装，也不能安装，因此，如果要加入dock里面快捷运行，需要自己做一个快捷方式：
gedit ~/.local/share/applications/zotero.desktop
文件内容如下：
[Desktop Entry]
Name=Zotero
Exec=zotero
Comment=Run Zotero
Terminal=false
Type=Application
Icon=~/software/Zotero_linux-x86_64/icons/zotero.png
对了，刚才我同事提醒我，如果你用Windows，则ReadCube也有类似的功能。是的，也很好用。