服务器上安装的软件

系统:Ubuntu 12.04LTS 64位 英语
语言:C (gcc), C++(g++),Fortran (gfortran), python, perl, linux-shell, make, install
科学计算工具包:Python-numpy, Python-scipy, Python-matplotlib, networksX, Python-setuptools, igraph, fftw, xdms2, gsl, r, blas, lapack, atlas, petsc, slepc, gnuplot, sprng2
并行计算:openmpi, mpich2 (mpiexec)
其他:latex, latex-cjk
大部分软件有两个版本,系统自带的,从源程序编译以后安装在/opt/目录下的。

注意:多核心并行运算必须用/opt/mpich2/bin/mpiexec,不能用系统默认的mpiexec。后者实际上是多核心重复计算。

需要高质量随机数的话,可以考虑用sprng2,一般情况gsl也基本够用。

线性代数:BLAS, lapack, atlas单核心;Petsc, Slepc并行
科学计算(积分、插值、特殊函数、随机数):gsl
傅立叶变换:fftw
网络:networkX, igraph

Linux下通常库函数的用法:已经安装在标准库函数的工具,直接引用头文件,然后编译的时候加一个相应的-lXXX,其中XXX为库的名字;安装在特定位置的软件包含用户在自己目录下安装的软件,需要-I头文件地址,-L库函数地址。

如果需要查看某一个软件包的编译参数,可以利用pkg-config命令,例如:
pkg-config –libs –cflags igraph

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